Criada inicialmente com a denominção de Capitania dos Portos dos Estado de Goiás e Distrito Federal, de acordo com o Decreto nº 81.591, de 20 de abril de 1978, possuia sua sede em Goiânia-GO. Sua denominação foi alterada para Capitania Fluvial do Araguaia-Tocantins (CFAT) pelo Decreto nº 97.537, de 21 de fevereiro de 1989, em razao da criação do Estado de Tocantins. A CFAT foi transferida para Brasília-DF, pelo Decreto nº 98.494, de 11 de dezembro de 1989, e passou a funcionar no predio anexo do então Ministério da Marinha. Através da portaria nº 249, de 26 de agosto de 1999, foi criada a Delegacia Fluvial de Brasília (DelBrasília), a fim de preencher a lacuna deixada pela transferência da CFAT para cidade de Palmas, capital do Tocantins, em 17 de maio de 2000, ficando a DelBrasília subordinada diretamente à CFAT. Por fim, através da portaria nº278, de 05 de outubro de 2011, a antiga DelBrasília foi elevada à categoria de Capitania Fluvial de terceira classe, tendo sua denominação alterada para a atual Capitania Fluvial de Brasília (CFB) e subordinação direta ao comando do 7º Distrito Naval.