A decisão do governo de 18 de maio de 1824 dispõe sobre a matrícula das embarcações mercantes que transitassem no Porto do Rio de Janeiro. Até 1845, cabia aos inspetores dos Arsenais de Marinha, nas províncias onde os houvesse, dirigir os serviços de matrícula dos marítimos e das embarcações, de Polícia Naval, de praticagens das barras e de socorros marítimos. O Decreto Legislativo 358, de 14 de agosto de 1845, instituiu as Capitanias de Porto. O Decreto Legislativo 447, de 19 de maio de 1846, criou as Capitanias dos Portos da Corte (Município neutro), do Pará (em Belém), de Pernambuco (em Recife), da Bahia (em Salvador), de Santa Catarina (na cidade de Nossa Senhora do Desterro), e de São Pedro do Rio Grande do Sul (no porto do Rio Grande). O Decreto Legislativo 460, de 28 de julho de 1846, criou a Capitania do Porto do Maranhão (na cidade de São Luís).
Nos locais onde houvesse Arsenal de Marinha, o cargo de Capitão do Porto era exercido cumulativamente pelo inspetor do arsenal. Esses cargos, de Capitão do Porto e Inspetor do Arsenal, foram separados em 1851, pelo Decreto 80, de 30 de junho, no Rio de Janeiro, e em 1858, pelo Decreto 2.148, de 17 de abril, os cargos foram separados nas Províncias da Bahia e de Pernambuco, e, em 1867, pelo Decreto 3.989, de 23 de janeiro, na Província do Pará.
Inicialmente, cabia às Capitanias de Porto arrolar os indivíduos ocupados da vida do mar e os barcos de navegação interior, e organizar e propor o regulamento da praticagem das barras de acesso aos portos. Posteriormente, passaram a ser também representantes do poder público sobre o domínio público marítimo e fluvial misto da Nação, pelas atribuições que lhe cabem de Polícia Naval de Pesca, de zelar pela conservação dos portos e canais de navegação e de impedir as contravenções ao domínio público sobre os terrenos da Marinha. Providências visando a executar melhoramentos nos portos das diferentes províncias eram tomadas segundo entendimento que se fazia entre o Ministro da Marinha e os presidentes de província, designando-se oficiais de Marinha para orientar o planejamento e a execução das obras.
Outras Capitanias dos Portos foram criadas. A de Santos, na Província de São Paulo, pelo Decreto 531, de 11 de setembro de 1847, nas Províncias de Alagoas, Paraíba e Rio Grande do Norte, pelo Decreto 539, de 3 de outubro de 1847, na de Sergipe, pelo Decreto 549, de 12 de janeiro de 1848. As Capitanias dos Portos nas Províncias de Sergipe (reestabelecida posteriormente pelo Decreto 1.461, de 18 de outubro de 1854), Paraíba e Rio Grande do Norte (reestabelecidas posteriormente pelo Decreto 1.944, de 11 de julho de 1857) foram extintas pelo Decreto 680 de, 8 de julho de 1850. O Decreto 1.944 também cria uma Capitania de Porto no Ceará. O Decreto 1.592, de 10 de dezembro de 1855, cria a Capitania do Porto de Paraíba, na província do Piauí. O Decreto 1.716, de 12 de janeiro de 1856 cria a do Espírito Santo. O Decreto 2.762, de16 de março de 1861, cria uma Capitania de Porto fluvial na Província de Mato Grosso, que é extinta posteriormente pelo Decreto 4.006, de 26 de outubro de 1867, e reestabelecida pelo Decreto 5.463, de 12 de novembro de 1873. O Decreto 5.798, de 18 de novembro de 1874, cria a Capitania dos Portos de Manaus, na Província do Amazonas.
O Decreto 6.509, de 11 de junho de 1907, reorganiza a Capitania dos Portos do Distrito Federal e do Estado do Rio de Janeiro, exonerando-as das atribuições normativas que tinham antes.

Fonte: Caminha, Herick Marques. História do Administrativa do Brasil; organização e administração do Ministério da Marinha no Império.Coord. de Vicente Tapajós.Brasília - Rio de Janeiro.Fundação Centro de Formação do Servidor Público.Serviço de Documentação Geral da Marinha.1986.

Caminha, Herick Marques. História Administrativa do Brasil: organização e administração do Ministério da Marinha na República. Coord. de Vicente Tapajós. Brasília – Rio de Janeiro. Fundação Centro de Formação do Servidor Público. Serviço de Documentação Geral da Marinha, 1989.