A criação de Capitanias dos Portos data do ano de 1845 quando o Imperador D. Pedro II, pelo Decreto n.º 358, de 14 de agosto daquele ano, autorizou o estabelecimento de uma Capitania dos Portos em cada Província marítima do Império.

A Capitania do Portos da Província do Rio Grande do Norte foi criada pelo Decreto n.º 539, de 03 de outubro de 1847, tornando-se assim, a mais antiga Organização de Marinha no Estado do Rio Grande do Norte.

A Organização foi extinta pelo Decreto n.º 680 de 07 de julho de 1850 e novamente ativada pelo Decreto n.º 1944 de 11 de julho de 1857.

Sob jurisdição da CPRN, foram criadas, através do Decreto n.º 12886 de 20 de fevereiro de 1918, as Agências da Capitania dos Portos em Mossoró e Macau. A primeira teve sua denominação mudada para Agência da Capitania dos Portos em Areia Branca em 1927, em função da emancipação desse município, anteriormente distrito de Mossoró.. A segunda foi extinta em 1996.