Desde 1813, D. João VI, o Príncipe Regente, havia criado as Divisões Navais nas costa do Brasil, estando o Maranhão subordinado à Divisão Naval do Norte. Os Presidentes das Províncias eram os únicos juízes para qualquer assunto, daí porque as Divisões, embora tendo os seus comandantes, a eles eram subordinadas. Os movimentos nos portos marítimos e fluviais aumentavam e havia a necessidade de definir responsabilidades na área portuária. Daí o Governo Imperial criou a Capitania do Porto através do Decreto de número 358, de 14 de agosto de 1845, em todas as capitanias que possuíssem porto.
Seu funcionamento foi regulamentado pelo Decreto 447, de 17 de maio de 1846, com atribuições específicas de polícia naval, conservação de porto, inspeção, administração de faróis, balizamento, matrícula de gente do mar e do tráfego do portos e das costas, praticagem destas e das barras.