A Capitania dos Portos, foi criada pelo Decreto nº 1.944, de 11 de julho de 1857. Suas atividades tiveram início num prédio localizado entre as Avenidas Pessoa Anta e Alberto Nepomuceno.onde permaneceu até os idos de 1900.

Do ano de 1900 até 1923, funcionou num prédio localizado à Rua Dr. José Avelino. Era uma edificação simples, com três portas na frente e um sótão, na qual residia o Capitão dos Portos, e aí funcionou até o final de 1925.

Em 1926, saiu a Capitania dos Portos da Rua Dr. José Avelino para um prédio na Avenida Alberto Nepomuceno, onde passou a funcionar num compartimento formado por amplo salão.

A partir de 1927, mudou-se para outro prédio na mesma Avenida Alberto Nepomuceno nº 297, e aí permaneceu até a conclusão da sede da Rua Dragão do Mar, 160, cuja construção iniciou-se em 09 de janeiro de 1956 e ficou concluída em junho de 1958.

No dia 09 de fevereiro de 1998, a CPCE foi elevada a Capitania de 1ª Classe. Em setembro de 2007, foram iniciadas as obras de construção da nova sede da CPCE, no Tombo onde funcionava o Departamento de Segurança do Tráfego Aquaviário (DSTA), situado em Mucuripe.

No dia 14 de janeiro de 2010 é inaugurada a nova sede e a CPCE na Avenida Vicente de Castro nº 4917 – Mucuripe.