O Decreto Imperial nº 358 de 14 de agosto de 1845 autorizava o Governo "a estabelecer uma Capitania do Porto em cada Província Marítima do Império" com atribuições específicas de "poliícia naval, conservação do porto, inspeção e administração dos faróis, balizamento, matrícula da gente do mar e do tráfego do porto e das costas, praticagem e das barras, etc...

Em decorrência, pelo Decreto nº 531, de 11 de setembro do ano de 1847, sua Majestade e Imperador D. Pedro II resolvia estabelecer a Capitania do Porto de Santos na província de São Paulo, tendo o seu primeiro titular, o Capitão-de-Mar-e-Guerra JOÃO BAPTISTA DE SOUZA, assumido o cargo em 15 de maio de 1852. A Capitania funcionava então no prédio do antigo Arsenal de Marinha de Santos, em frente à Igreja do Carmo, onde existe hoje a Praça Barão do Rio Branco, prédio este que, antes de servir como sede da Capitania, agrupou uma Companhia de Aprendizes Marinheiros.

Em 1956, a Capitania passou a localizar-se na Av. Conselheiro Nébias, 488 em prédio adquirido pela Marinha ao seu construtor Sr. Alberto Baccarat. Desde agosto de 2003, as instalações passaram para uma área no cais da Marinha, localizada entre os armazéns 27 e 29, no Porto de Santos, bairro do Macuco. Com o advento da República, a Capitania passou a chamar-se Capitania dos Portos de Estado de São Paulo, e em 1997, ano do seu sesquincentenário adquiriu a denominação de Capitania dos Portos de São Paulo. A capitania é uma OM subordinada diretamente ao Comando do Oitavo Distrito Naval.