No seu histórico, encontra-se registrado que, pelo Decreto Imperial nº 358 de 14 de agosto de 1845, foi o Governo autorizado a estabelecer Capitanias de Portos nas Províncias Marítimas do Império.

A Capitania dos Portos de Santa Catarina é considerada, com justa razão, uma das mais tradicionais Instituições deste Estado.

Em conseqüência, foi baixado o Decreto Imperial nº 447 de 19 de maio de 1846, referendado pelo então Ministro da Marinha, Tenente-Coronel ANTONIO FRANCISCO DE PAULA HOLANDA CAVALCANTI DE ALBUQUERQUE, posteriormente, Visconde de Albuquerque, dando Regulamento para as Capitanias de Portos e, cujo artigo 1º assim determinava:
"Haverá um Estabelecimento Naval, denominado Capitania do Porto, em cada uma das Províncias Marítimas do Império".

No artigo 4º, do mesmo Decreto, especificava que:

"Nas Capitanias dos Portos das Províncias do Rio Grande de São Pedro do Sul e Santa Catarina, servirá de Capitão do Porto um oficial superior da Armada, o qual perceberá os vencimentos e mais vantagens de embarcado em navios de guerra".

A instalação da Capitania ocorreu em 15 de novembro de 1846 numa das salas da Tesouraria da Província, pelo Capitão-Tenente SABINO ANTONIO DA SILVA PACHECO.

Por Aviso nº 802, de 29 de abril de 1874, do Ministro da Marinha, foi autorizada a transferência para o Forte de Santa Bárbara, cedido à Marinha, na época, pelo Ministério da Guerra.

A instalação definitiva, no Forte, ocorreu em 11 de janeiro de 1875.

Com relação ao Forte, nessa época, extrae-se do histórico da Capitania dos Portos o seguinte: "em um ilhote rochoso, próximo à praia da Capital, o Governador da Capitania, Tenente-Coronel JOÃO ALBERTO DE MIRANDA RIBEIRO, mandou levantar entre 1793 e 1799, sob o risco do engenheiro militar, Sargento-mór, JOAQUIM CORREIA DA SERRA, um pequeno forte que pôs sob o patrocínio de Santa Bárbara". Nessa Ilha, em princípio se guardava a pólvora. Segundo Monsenhor PIZARRO, "ficou este forte a servir de armazém aos petrechos militares", e era "de figura extravagante, tendo sua firmeza numas pedras, pouco distante da praia, e é comunicável por uma ponte; é suposto que defenda, sofrivelmente, o sítio, e a sua defesa principal deve consistir na passagem do estreito, para que não seja penetrado".

Serviu de lazarêto, estação quarentenária e de enfermaria Militar por algum tempo.

Afinal, transferido para o Ministério da Marinha, foi, pelo Aviso nº 802, já citado, mandado nele construir um prédio destinado à Capitania dos Portos, sendo encarregado da obra o Capitão-Tenente J.M.A.C. ALBUQUERQUE LINS, a qual custou 500.000 contos de réis.

Foi reconstruído de 1940 a 1941, tendo sofrido reforma e acréscimo de compartimentos de 1953 a 1955.

Com a transferência da Capitania dos Portos para Itajaí, neste Estado, passou a abrigar as instalações da Delegacia dos Portos do Estado de Santa Catarina, conforme Aviso nº 0182, de 1974 do Ministro da Marinha; posteriormente, foi extinta a Delegacia e ativada a Agência da Capitania dos Portos, conforme Decreto nº 81.591, de 20 de abril de 1978.

Em função do aterro procedido na baía sul, perdeu-se o acesso ao mar, o que levou o Comando do 5º Distrito Naval a manter entendimentos com o Governo do Estado para a construção de um novo prédio, em outra área, destinado à Agência. A mudança para as novas instalações ocorreu em 08 de janeiro de 1998 e, em 26 de julho de 2000, em cumprimento ao Acordo realizado, foi assinado o convênio entre a Marinha do Brasil, por intermédio do Comando do 5º Distrito Naval e a Prefeitura Municipal de Florianópolis, transferindo a cessão de uso do Forte, que se concretiza oficialmente nesta data, dentro das comemorações do aniversário de Florianópolis.

A partir de 1998, então, a Capitania foi instalada no bairro do Estreito, debruçada novamente sobre o mar e emoldurada pelas pontes de acesso à Ilha de Santa Catarina.

Cabe, ainda, ressaltar que, de acordo com o ofício nº 129 de 21 de agosto de 1984, da Secretaria da Cultura do MEC, foi tombado definitivamente o Forte Santa Bárbara, em 17 de abril de 1984, pelo Conselho Consultivo do Patrimônio Histórico e Artístico Nacional, publicado no Diário Oficial da União em 19 de abril de 1984, a luz do disposto no artigo 1º da Lei 6292 de 15 de dezembro de 1975, sendo inscrito no Livro de Tombo Histórico sob o nº 493, à folhas 87, em 29 de maio de 1984.

Presente em uma imensa gama de atividades, sendo partícipe do desenvolvimento das atividades marítimas, lacustres e fluviais do Estado de Santa Catarina, a CPSC é voltada para a habilitação e cadastramento dos amadores, clubes náuticos, marinas, associações e outras entidades esportivas e do lazer náutico, atuando ainda nas atividades de ensino voltadas para o aquaviário, principalmente, o pescador, o marítimo e o fluviário, preparando e qualificando o homem que conduz as embarcações necessárias às diversas atividades econômicas relacionadas como o mar.

A CPSC participa também no desenvolvimento do transporte marítimo, normatizando e fiscalizando as atividades dos quatro portos de Santa Catarina, no que se refere ao despacho de embarcações, ao balizamento, a batimetria e calado e ao exercício legal da praticagem. A CPSC mantém, ainda, o funcionamento diuturno dos sinais náuticos do litoral de Santa Catarina, fiscaliza o ordenamento costeiro e o cumprimento das regulamentações do tráfego aquaviário.

Desta forma, a CPSC, conjuntamente com suas três Delegacias subordinadas, situadas nas cidades de Itajaí, Laguna e São Francisco do Sul, participa ativamente no desenvolvimento das atividades marítimas, contribuindo para o progresso do Estado de Santa Catarina.