Histórico das Edificações Anteriores
A Capitania dos Portos de Alagoas teve sua sede pioneira na Praça Lavenère Machado, n.º 176, onde hoje funciona o Sindicato dos Estivadores do Estado. Seu primeiro Capitão dos Portos foi o Capitão-de-Fragata FRANCISCO DE PAULA OSÓRIO, que a comandou até 29 e janeiro de 1850.
Posteriormente, a Capitania foi transferida para a antiga Escola de Aprendizes-Marinheiros de Alagoas, onde atualmente se encontra o prédio do DETRAN-AL . Em 19 de novembro de 1955, esta Capitania, de tradição sesquicentenária, se instalou na Rua: Uruguai nº 44, no histórico bairro de Jaraguá. O primeiro oficial a comandá-la, já na atual sede, foi o Capitão-de-Corveta ÁLVARO CALHEIROS ( 12/05/1954 A 02/01/1956).

Histórico do Estabelecimento
Criada pelo Decreto Imperial nº539, de 03 de outubro de 1847, e confirmada, posteriormente, pelo Decreto n.º 3.929 de 20 de fevereiro de 1901.
A Capitania dos Portos de Alagoas está diretamente subordinada ao Comando do 3º Distrito Naval, com sede em Natal (RN), tendo como jurisdição os 250 Km de litoral alagoano, além dos 280 Km do Rio São Francisco, que se estendem da foz até a hidrelétrica de Paulo Afonso.

Organização
A CPAL é subordinada ao Comando do 3º DN, e atua sob a supervisão da DPC, no exercício de sua atividade fim. Classificada como Capitania de 3ª classe, sendo dirigida pelo Capitão dos Portos, auxiliado pelo Ajudante e assessorado por uma comissão de Peritos e um Conselho Econômico; e constituída da Divisões de EPM, de segurança do Tráfego Aquaviário e de Apoio.