A criação das Capitanias dos Portos data de 1845, quando o Imperador, através do Decreto nº 358 de 14 de agosto daquele ano, autorizou o Governo a estabelecer uma Capitania dos Portos em cada Província Marítima do Império.

A Capitania dos Portos do Estado da Bahia (CPBA) foi criada pelo Decreto nº 447 de 19 de maio de 1846, tendo sido inicialmente instalada no segundo pavimento do edifício da entrada do Arsenal de Marinha, com frente para a rua denominada Portas da Ribeira, em prédio construído em 1641. Posteriormente ocupou instalações nas proximidades do cais do Porto.

Em 1919
foi transferida para o local que hoje ocupa, instalada em prédio de pequenas dimensões que foi demolido em 1984 para dar lugar às modernas instalações onde funciona desde 1985.

Até 1978
a jurisdição desta Capitania dos Portos (CP) abrangia apenas o litoral do Estado da Bahia, tendo como Organizações Militares subordinadas uma Delegacia em Ilhéus, uma Agência em Maragogipe e uma Agência em Belmonte.

Em 1978
a jurisdição da CPBA foi estendida à bacia hidrográfica do Rio São Francisco, em decorrência da extinção da Capitania dos Portos do Rio São Francisco, tendo passado à sua subordinação as Agências de Bom Jesus da Lapa e Juazeiro. Ainda em 1978 foi também extinta a Agência em Maragogipe, criada uma Agência em Valença e Transferida a Agência de Belmonte para Porto Seguro.

Em 1979
foi criada uma Agência em Caravelas que foi extinta antes de ser ativada.
A Agência de Valença não chegou a ser ativada.

Em 1997
através da Portaria Ministerial nº 276/97, foi alterada a denominação para Capitania Dos Portos da Bahia. Ainda nesse ano, as Agências de Bom Jesus da Lapa e Juazeiro passaram à subordinação da recém ativada Capitania Fluvial do Rio São Francisco.