A criação das Capitanias dos Portos data do ano de 1845, quando o Imperador, por meio de Decreto nº 358, de 14 de agosto, autorizou o Governo a estabelecer uma Capitania dos Portos em cada Província Marítima do Império.

A Capitania dos Portos da Amazônia Oriental foi criada por Decreto Imperial em 19 de maio de 1846, recebendo a denominação de Capitania do Porto da Província do Pará e Amazonas, sendo instalada nas dependências do então Arsenal do Pará, e tendo como titular o Inspetor desse Arsenal.

Àquela época, com as atribuições específicas de polícia naval, conservação do porto, matrícula da gente do mar e tráfego do porto e das costas, praticagem destas e das barras, além de outras, a Capitania do Porto da Província do Pará constituiu-se na entidade administrativa responsável pela disciplina das múltiplas atividades marítimas da região norte do Império, indispensáveis à organização naval e portuária brasileira.

O seu Regulamento, que se constituía em um verdadeiro código para a Marinha Mercante, estava estreitamente ligado à Marinha de Guerra pelo vínculo do interesse da própria defesa nacional