A Base Almirante Castro e Silva foi criada pelo Aviso n° 610, de 06 de maio de 1941, sob a designação de Base da Flotilha de Submarinos e teve sua denominação alterada para a atual pelo Aviso n° 1865, de 27 de setembro de 1946, uma homenagem ao ilustre Chefe Naval que foi um dos precursores da Flotilha de Submersíveis criada em 1914.

Com a aquisição de submarinos da Classe Humaitá em 1971, surgiu a necessidade de ampliação do cais para atracação dos novos meios. As obras de ampliação iniciaram em 22 de setembro de 1972, aumentando o cais em 70 metros.

Em 1986, na administração do Ministro da Marinha Almirante de Esquadra Alfredo Karam, foi concluída obra no cais desta Base que o configurou como se encontra atualmente, possuindo comprimento de 432 metros, especialmente adaptado para o atendimento aos submarinos da Classe Tupi e Tikuna, servido de porto ao NSS Felinto Perry, tendo recebido o NE Brasil, Fragatas da Classe Niterói, navios mercantes diversos e até plataformas.

Sua organização e atividades estão estruturadas pelo Regulamento aprovado pela Portaria n° 100, de 31 de outubro de 2003, do Comando de Operações Navais.

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