O Gabinete do Comandante da Marinha - GCM, com sede em Brasília, Distrito Federal, é considerado criado a partir de 19 de fevereiro de 1859, quando suas tarefas foram citadas no Decreto Imperial nº 2.359, que reformava a Secretaria d’Estado dos Negócios da Marinha.

A partir de então, teve as atividades detalhadas pelos Decreto Imperial nº 4.174, de 06 de maio de 1868, Decreto nº 267-A, de 15 de março de 1890, Decreto nº 1.195-A, de 30 de dezembro de 1892, Decreto nº 6.502, de 11 de junho de 1907, Decretº no 9.169-A, de 30 de novembro de 1911, Decreto nº 10.738, de 11 de fevereiro de 1914, Decreto Legislativo nº 5.472, de 07 de junho de 1928, e Decreto nº 18.317, de 19 de julho de 1928, todos dispondo sobre a organização da Secretaria de Estado.

Passou a ter Regulamento próprio pelo Decreto nº 32.418, de 12 de março de 1953. Teve a sede transferida do Rio de Janeiro para Brasília em abril de 1960. Foi reestruturado pelo Decreto nº 67.153, de 10 de setembro de 1970.

Com o cancelamento deste documento pelo Decreto nº 91.691, de 26 de setembro de 1985, as atividades do GCM passaram a ser regulamentadas pela Portaria Ministerial nº 0887, de 27 de setembro de 1985, alterada pela Portaria Ministerial nº 0103, de 30 de janeiro de 1986, e posteriormente pela Portaria Ministerial nº 0291, de 03 de maio de 1994. Revogada esta última, passou a ter as atividades e organização estruturadas pelo Regulamento aprovado pela Portaria Ministerial nº 271 de 19 de setembro de 1997.

Com a transformação do Ministério da Marinha em Comando da Marinha, em função da criação do Ministério da Defesa, a denominação foi alterada para Gabinete do Comandante da Marinha pela Portaria Ministerial nº 174 de 10 de junho de 1999, tendo posteriormente, a sua organização regida pela Portaria nº 321/MB, de 23 de novembro de 1999, revogada pela Portaria nº 178/MB, de 22 de julho de 2003, que foi alterada pela Portaria nº 124/MB, de 30 de maio de 2006. Revogada esta última, passa, então, o GCM a ter sua organização regida pelo presente Regulamento, aprovado pela Portaria nº 319/MB, de 9 de julho de 2012.