Antes do fim do século XVIII os Arsenais do Pará, de Pernambuco, Bahia, Rio de Janeiro e Santos já haviam sido criados. Cabia aos arsenais de marinha o provimento de materiais para construção e reforma de navios, bem como os materiais de artilharia e a remuneração dos tripulantes. Assim sendo, não havia uma centralização financeira das receitas e despesas da Marinha em uma só repartição, sendo de responsabilidade dos administradores dos Arsenais (e de seus funcionários) todo o balanço contábil de receitas e despesas destes órgãos.
Nos primeiros anos após a Independência, a secretaria apresentava uma estrutura central bastante simplificada e personalizada, contando apenas com o ministro, um oficial-maior, alguns poucos oficiais para o expediente e um porteiro. Faziam parte ainda da estrutura administrativa da Marinha, diretamente subordinados ao ministro, os Arsenais de Marinha do Rio de Janeiro, da Bahia, de Pernambuco, do Pará e do Rio Grande do Sul. O arsenal da Bahia era o principal arsenal construtor do Brasil.
O Decreto de 11.01.1834, regulou o funcionamento das Intendências e Arsenais de Marinha do Império, além da administração da Marinha onde não houvesse Arsenais ou Intendências. Nas províncias que contavam com Arsenais a administração funcionaria da seguinte forma: na Bahia, semelhantemente à Corte, haveria a Intendência, a Pagadoria, a Contadoria e o Almoxarifado, além da Inspeção do Arsenal. Nos Arsenais de Pernambuco e do Pará funcionaria apenas uma Inspeção, contando com um inspetor, um secretário da inspeção, um almoxarife, um escrivão, um porteiro e um patrão-mor, que não seria necessariamente um oficial de Marinha. Nas províncias do Maranhão, de Santa Catarina e do Rio Grande do Sul, que não possuíam arsenais, as estações de Marinha contariam apenas com um almoxarife e um patrão-mor, e em São Paulo, Espírito Santo, Sergipe, Alagoas, Paraíba, Rio Grande do Norte, e Ceará as estações contariam com apenas um patrão-mor.
Em 1840, foram instaladas enfermarias nos arsenais de Pernambuco, Bahia e Pará. O Decreto 55 de 13.11.1840 cria a Contadoria-Geral da Marinha, com o objetivo de examinar todas as contas da repartição da Marinha. Este Decreto determinava que fossem extintas as Contadorias dos Arsenais e que fossem criadas Contadorias Gerais subordinadas diretamente aos respectivos ministros da Guerra e da Marinha. Esse Decreto é anulado pelo Decreto 110 de 10 de dezembro de 1841. E foi substituído pelo Decreto 114 de 14 de janeiro de 1842 que cria uma Seção de Contabilidade na Secretaria de Estado e Negócios da Marinha.
Em 1845 a Seção de Contabilidade é extinta e em seu lugar é criada uma Contadoria Geral. Foram criadas contadorias nos Arsenais da Bahia, Pernambuco, Pará, desvinculadas das intendências e inspetorias locais e subordinadas à Contadoria do Rio de Janeiro.
As contadorias e pagadorias de Marinha localizadas nas províncias foram extintas pelo decreto n°. 1.395, de 27 de maio de 1854, tendo suas competências transferidas novamente às Tesourarias de Fazenda.
O Decreto n° 2 583 de 30 de abril de 1873 torna a reorganiza os arsenais de marinha do Império. Os inspetores da Bahia, Pernambuco, Pará e Mato Grosso continuaram acumulando funções de intendentes da Marinha nessas províncias; o do Pará, acumulou também o cargo de capitão-do-porto. Algumas oficinas novas foram criadas em reorganizações subsequentes, e outras, remanejadas ou suprimidas. A Decisão de 07 de janeiro de 1873 da providencias sobre as obras necessárias para instalação do Arsenal de Marinha de Ladário. O Decreto 5 622 de 02 de maio de 1874 reforma novamente o regulamento para os arsenais de marinha do Império (da Corte, da Bahia, de Pernambuco, do Pará e de Mato Grosso). Em 1899 os Arsenais de Pernambuco e da Bahia foram extintos. Os Arsenais de Marinha são novamente organizados pelo Decreto 16.127 de 18 de agosto de 1923.

Fonte: Caminha, Herick Marques. História do Administrativa do Brasil; organização e administração do Ministério da Marinha no Império.Coord. de Vicente Tapajós.Brasília - Rio de Janeiro.Fundação Centro de Formação do Servidor Público.Serviço de Documentação Geral da Marinha.1986.

Caminha, Herick Marques. História Administrativa do Brasil: organização e administração do Ministério da Marinha na República. Coord. de Vicente Tapajós. Brasília – Rio de Janeiro. Fundação Centro de Formação do Servidor Público. Serviço de Documentação Geral da Marinha, 1989.

Almeida, felipe pessanha de. A Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha (1822-1891) [recurso eletrônico]/Felipe Pessanha de Almeida- Dados Eletrônicos – Rio de Janeiro : Arquivo Nacional, 2014. Dados Eletrônicos (1 arquivo, 2 megabytes)-(Publicações Históricas;108 (Cadernos Mapa;8- Memória da Da Administração Pública Brasileira