A Agência Fluvial de São Félix do Araguaia (AgSFAraguaia) foi criada por meio da Portaria Ministerial nº 260, de 18 de junho de 1996. Inicialmente era denominada Agência da Capitania dos Portos dos Estados de Goiás, Tocatins e Distrito Federal em São Félix do Araguaia e passou a ter sua denominação atual em decorrência da Portaria Ministerial nº 150, de 16 de maio de 1997.

A sua jurisdição abrange as águas do rio Araguaia, no trecho compreendido entre os municípios de Aragarças (GO) (exclusive) e Caseara (TO) (exclusive), além de 29 municípios, sendo 27 em Mato-Grosso e 2 em Goiás.

A Agência Fluvial de São Félix do Araguaia anteriormente subordinada à Capitania Fluvial do Pantanal, de acordo com a Portaria nº10/MB, de 21 de janeiro de 2019, fica transferida a subordinação da Agência Fluvial de São Félix do Araguaia (AgSFAraguaia) para a Capitania Fluvial de Mato Grosso (CFMT).

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