A Agência da Capitania dos Portos em São João da Barra é uma organização Militar criada pela portaria n° 377/MB, de 03 de agosto de 2012, com semi-autonomia administrativa devendo ser apoiada pela Capitania dos Portos do Rio de Janeiro, que proverá os recursos de pessoal e financeiros necessários à execução de suas tarefas.

A Agência da Capitania dos Portos em São João da Barra é subordinada à Capitania dos Portos do Rio de Janeiro.
De acordo com o Bono Geral nº 866 de 16 de outubro de 2019, fica subordinada a Capitania dos Portos de Macaé.
Endereço: Rua Joaquim Thomaz de Aquino Filho, n° 60, Centro, São João da Barra – RJ – Brasil – CEP: 28200-000.
Telefone (s): (22) 2741-4807