A Contadoria-Geral da Marinha, uma estação especial da Fazenda Pública (operada com empregados da Secretaria da Fazenda), foi anexada à Secretaria de Estado e Negócios da Marinha pelo Decreto 55, de 13 de novembro de 1840, formando uma seção da Secretaria da Marinha onde todas as contas da repartição da Marinha seriam examinadas e tomadas, com intuito de fornecer ao Ministro completo conhecimento de todas as transações realizadas na Marinha. Esse Decreto perde é anulado pelo Decreto n°110, de 10 de dezembro de 1841, e o Decreto 114, de 4 de janeiro de 1842 substitui a Contadoria Geral por uma seção na Secretaria de Estado dos Negócios da Marinha com o nome de Seção de Contabilidade.

A Lei n°350, de 17 de junho de 1845, seguido do Decreto executivo 424, de 12.07.1845 concretizam um projeto de criação da Contadoria-Geral da Marinha da Corte e de Contadorias provínciais na Bahia, em Pernambuco e no Pará, subordinados a Contadoria-Geral. A Contadoria-Geral da Marinha era incumbida da escrituração, contabilidade e fiscalização da receita e despesa da Marinha em todo o Império, e da escrituração privativa do Arsenal de Marinha da Corte, da tomada de contas de todos os funcionários da repartição da Marinha responsáveis por dinheiro e gêneros, da organização dos orçamentos e balanços anuais que deviam ser presentes ao corpo legislativo, e da distribuição de créditos do respectivo Ministério.
Às contadorias provinciais competia fiscalizar as despesas dos correspondentes arsenais nas províncias onde não houvesse Contadoria da Marinha, cuja escrituração continuaria a ser feita segundo o dispositivo na legislação anterior. O Decreto 448, de 19 de maio de 1846, aprova o Regulamento da Contadoria-Geral da Marinha da Corte e das Contadorias Provinciais da Marinha; segundo este ato, a Contadoria-Geral distribuiria as verbas e o Intendente da Marinha promoveria a sua aplicação, arrecadação e o aproveitamento do material da Marinha. O Intendente da Marinha da Corte passou, assim, a exercer atribuições de um diretor de material, ou Contador-Geral, as de um diretor de finanças da Marinha como um todo.
O Decreto 870 de 22 de novembro de 1851 reorganiza as tesourarias de fazenda provinciais, do Tesouro Nacional, e nelas centraliza os pagamentos de todas as repartições do governo imperial, do que decorre ficarem as Pagadorias de Marinha provinciais fadadas a desaparecer. O Decreto 1739, de 26 de março de 1856, reorganiza a Contadoria-Geral da Marinha. O Decreto 4.214, de 20 de junho de 1868, reorganiza a Contadoria-Geral da Marinha, ficando-lhe anexa a Pagadoria da Marinha.
A Contadoria e Pagadoria da Marinha centraliza a contabilidade e fiscalização de toda a receita e despesa do Ministério da Marinha, abrangendo em seus processos as normas gerais seguidas pelo Tesouro Nacional. Tem a função de pagar, na Capital Federal, a todo o pessoal civil e militar do Ministério da Marinha, confeccionar o projeto de orçamento do Ministério, fazer o assentamento de todo ativo do Ministério, representado pelo material imóvel.
O Decreto 6.508, de 11 de junho 1907, reorganiza a Contadoria da Marinha denominando-a Diretoria-Geral de Contabilidade da Marinha (guarnecida por contadores civis).

Fonte: Caminha, Herick Marques. História do Administrativa do Brasil; organização e administração do Ministério da Marinha no Império.Coord. de Vicente Tapajós.Brasília - Rio de Janeiro.Fundação Centro de Formação do Servidor Público.Serviço de Documentação Geral da Marinha.1986.

Caminha, Herick Marques. História Administrativa do Brasil: organização e administração do Ministério da Marinha na República. Coord. de Vicente Tapajós. Brasília – Rio de Janeiro. Fundação Centro de Formação do Servidor Público. Serviço de Documentação Geral da Marinha, 1989.