A Agência Fluvial de Porto Murtinho foi criada pelo Decreto nº 13.495, de 12 de março de 1919. Inicialmente era denominada Agência da Capitania dos Portos dos Estados de Mato Grosso e Mato Grosso do Sul em Porto Murtinho e depois, mais precisamente em 19 de setembro de 1997, por meio da Portaria nº 276, do Ministro da Marinha, passou à denominação atual.

A sua jurisdição abrange 172 kilômetros de águas de soberania compartilhada do Rio Paraguai, que vai da Foz do Rio Nabileque à Foz do Rio Apa, além de cerca de 100.000 (cem mil) Km2 que compreendem os 39 municípios localizados na parte sul do Mato Grosso do Sul.

A Agência Fluvial de Porto Murtinho é subordinada à Capitania Fluvial do Pantanal.

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